Wieś Zdory została założona w 1508 roku na prawie chełmińskim przez braci Jana i Marka Stawiskich, przybyłych tu z ziemi łomżyńskiej.W dokumentach z XVI w widnieje ona pod nazwą Wilkusy. Początkowo przeważali wśród osadników uchodźcy z Mazowsza - wolni chłopi pochodzenia polskiego.

Powstała wieś miała charakter usługowy dla osady bartnej Pisz, leżącej na szlaku handlowym prowadzącym z południa do Gdańska. Mieszkańcy wioski dostarczali ryb, płodów rolnych, mięsa i zwierzyny łownej.

Po insurekcji Kościuszkowskiej (1794r.) a także po powstaniu listopadowym (1830r.) i styczniowym (1864r.) władze pruskie nasilały represje germanizacyjne na Mazurach za pomoc Polakom. Wiek XIX na ziemi piskiej charakteryzował się ostrą walką Mazurów w obronie języka polskiego i obyczajów.

Po plebiscycie w 1920r. Zdory znalazły się w Rzeszy Niemieckiej aż do 1945r. W tym czasie wieś była samowystarczalna - była szkoła, elektrownia, wiatrak (młyn), rzeźnia, masarnia, a nawet restauracja z pokojami gościnnymi. We wsi mieszkało kilku bogatych gospodarzy, którzy mieli do pomocy robotników rolnych, którym pracodawcy zapewniali mieszkanie i utrzymanie.W tym czasie wieś nazywała się Dorren a potem Zdorren.

Po II wojnie światowej Mazurzy, którzy czuli się Niemcami wyjeżdżali do Niemiec (lata 1946 - 1956). W wyniku działań wojennych i grabieży przestały działać instytucje i obiekty, które istniały przed wojną. Wieś zaczynała żyć od nowa. Do Zdor (spolszczona nazwa wsi) zaczęła napływać ludność z polski (powiat Kolno, okolice Łysych i Myszyńca). Napływowa ludność zajmuje gospodarstwa poniemieckie. Trudni się rolnictwem. W późniejszym czasie przez kilka lat na teranie wsi działa spółdzielnia produkcyjna. Po jej rozwiązaniu wieś nadal ma charakter rolniczy, z tym że są to już rolnicy indywidualni.

Od 1 września od 1946r. rozpoczęła działalność szkoła, w budynku po szkole niemieckiej. W latach 60-tych w wyremontowanej świetlicy powstaje klub "Rolnika", punkt biblioteczny później przeznaczony w bibliotekę wiejską. W tym czasie funkcjonuje także ośmioklasowa szkoła podstawowa. Działa również sklep GS, który zaopatruje ludzi w produkty codziennego użytku. Rozwija się komunikacja PKS. W 1982r. W latach 70-tych i 80-tych wieś przeżywa rozkwit kulturalny. Oprócz działającego klubu "Rolnika" i biblioteki działa prężnie zespół artystyczny. Wieś jest gospodarzem dożynek wojewódzkich.

W 1990 oblicze wsi się zmienia. Zostaje zlikwidowany klub "Rolnika", biblioteka ponownie przekształca się w punkt biblioteczny, w świetlicy powstaje prywatny sklep przemysłowo - spożywczy. Młodzież wyjeżdża do pracy w inne regiony Polski. Wieś starzeje się. Połowa ludności to emeryci, dużą część stanowią bezrobotni, pozostali nadal pracują na roli.

W 2000r. Zostaje zlikwidowana szkoła podstawowa, jedyny ośrodek kultury we wsi. Obecnie wieś zmienia swoje oblicze, staje się wsią turystyczną: powstają działki rekreacyjne nad jeziorem Śniardwy i Seksty zaczynają funkcjonować gospodarstwa agroturystyczne.